U. C.0097时期,“拉普拉斯事变”的纷争终结后,2架独角兽高达被秘密封印,新吉翁残党“袖章”也随之瓦解。就在人类逐渐走出战争带来的阴影之时,失踪两年的独角兽三号机“凤凰”突然现身,拥有颠覆世界秩序力量的它即刻引发了地球联邦军、吉翁袖章残党以及路欧商会三方势力的争夺狩猎,一场宇宙对决也即将拉开帷幕.........
故事背景在剧场版《苍穹之法芙娜 HEAVEN AND EARTH》的2年后,由于与来主操的邂逅,龙宫岛获得了与Mir对话的手段,这也给岛带来了可能性。阿尔维斯的孩子们一边进行战斗的准备,一边摸索着理解敌人的方法。2年后的现在,龙宫岛获得了更进一步的进化,理解Festum语言的少女与被Festum所守护的少女,当两人相遇之时,新世界的门将打开……...